O nutriente magnésio é fundamental para a ação da nitrato redutase e nitrogenase da soja, além de agir na germinação do grão de pólen. Tem sua maior exigência após o florescimento e na fase de enchimento dos grãos.

O sintoma de deficiência de Mg são clorose de tecidos internervais, cuja cor varia do verde-claro ao amarelado. As margens foliares se curvam para baixo. As folhas mais velhas, inferiores, são afetadas primeiro.